การดำเนินการให้บรรลุเป้าหมายด้านการพัฒนาและปรับปรุงกระบวนการเรียนการสอนให้ประสบความสำเร็จได้นั้น องค์กรทางการศึกษาต้องมีการปรับปรุงกระบวนการทำงาน ปฏิรูปองค์กร การปรับเปลี่ยนทัศนคติ ตลอดจนวิธีคิดของบุคลากร เพื่อให้สามารถรองรับการทำงานดังกล่าวได้อย่างมีประสิทธิภาพ
มหาวิทยาลัยจึงได้จัดตั้ง “สถาบันการเรียนรู้” ขึ้น เพื่อให้เป็นหน่วยนำในการปรับเปลี่ยนไปสู่องค์กรแห่งการเรียนรู้ โดยเริ่มดำเนินงานและจัดกิจกรรมมาตั้งแต่ปีงบประมาณ 2544 และได้รับการจัดตั้งอย่างเป็นทางการในปี 2547 หลังจากที่สถาบันการเรียนรู้ได้ดำเนินการมาแล้วระยะหนึ่ง ในปี 2551 สถาบันการเรียนรู้
ได้ปรับโครงสร้างภายในขององค์กรให้มีความเหมาะสมกับพันธกิจของสถาบันฯ ปัจจุบันโครงสร้างหน่วยงาน ประกอบด้วย
- สำนักงานผู้อำนวยการ
- สำนักงานห้องเรียนวิศว์-วิทย์
- สำนักงานการศึกษาสำหรับผู้มีความสามารถพิเศษ (Gifted Education Office : GEO)
- ศูนย์เสริมสร้างการเรียนรู้และการสอน Center for Effective Learning and Teaching (CELT)
- โครงการพัฒนาอัจฉริยภาพทางวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีสาหรับเด็กและเยาวชนระดับมัธยมศึกษาตอนต้น Junior Science Talent Project (JSTP)
- ศูนย์วิจัยและนวัตกรรมประสาทวิทยา Neuroscience Center for Research and Innovation (NX)
